Sentence

もちろん、ダーウィンは同時代の多くの学者と同様、ニュートンの方法論に従っていると見られることを欲した。

もちろん、ダーウィンは(どう)時代(じだい)(おお)くの学者(がくしゃ)同様(どうよう)、ニュートンの方法論(ほうほうろん)(したが)っていると()られることを(ほっ)した。
Of course Darwin, like many of his contemporaries, wished to be seen as following the Newtonian method.
Sentence

それに、もちろん、話をする人は、普通言葉の他にジェスチャーという、2つの方法によって意志の伝達をしているのである。

それに、もちろん、(はなし)をする(ひと)は、普通(ふつう)言葉(ことば)(ほか)にジェスチャーという、2つの方法(ほうほう)によって意志(いし)伝達(でんたつ)をしているのである。
And of course, a speaker usually communicates in two ways, orally as well as through gestures.
Sentence

もちろん冗談と思って彼は「あっそ」と流していましたけどかなり嫌だったそうです。(ってゆうか冗談でもそんなこと言うな!)

もちろん冗談(じょうだん)(おも)って(かれ)は「あっそ」と(なが)していましたけどかなり(いや)だったそうです。(ってゆうか冗談(じょうだん)でもそんなこと()うな!)
Of course he thought it was a joke and let it slide with a "hm?" but he was seriously annoyed. I mean, just don't say things like that even as a joke!
Sentence

その伝達の方法には、カタログはもちろんであるが、手紙、雑誌や新聞による広告、ラジオやテレビのコマーシャル、電話による買い物なども含めることが出来る。

その伝達(でんたつ)方法(ほうほう)には、カタログはもちろんであるが、手紙(てがみ)雑誌(ざっし)新聞(しんぶん)による広告(こうこく)、ラジオやテレビのコマーシャル、電話(でんわ)による()(もの)なども(ふく)めることが出来(でき)る。
The means of communication can include letters, magazine and newspaper advertisements, radio and television commercials, and telephone marketing, as well as catalogs.
Sentence

もちろん、実際に「はやぶさ」が太陽に近づいているわけではなく、図のように地球から見て太陽の反対側に位置するだけですが、このような現象を「合」と呼びます。

もちろん、実際(じっさい)に「はやぶさ」が太陽(たいよう)(ちか)づいているわけではなく、()のように地球(ちきゅう)から()太陽(たいよう)反対側(はんたいがわ)位置(いち)するだけですが、このような現象(げんしょう)を「(ごう)」と()びます。
Of course "Hayabusa" is not actually closing in on the Sun, it is just positioned as in the figure so that, seen from the Earth, it is on the opposite side of the Sun; this is called 'conjunction'.