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でも、それで士気が下がっては本末転倒ではないかと。

でも、それで士気(しき)()がっては本末転倒(ほんまつてんとう)ではないかと。
But, if by that, morale drops wouldn't that defeat the purpose of the exercise?
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父の急死の知らせを聞いて、私は気が転倒してしまった。

(ちち)急死(きゅうし)()らせを()いて、(わたし)()転倒(てんとう)してしまった。
I was beside myself when I heard the news of my father's sudden death.
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プロポーズもしないうちから、結婚式の計画をするのは、本末転倒だ。

プロポーズもしないうちから、結婚式(けっこんしき)計画(けいかく)をするのは、本末転倒(ほんまつてんとう)だ。
Planning the wedding before proposing is putting the cart before the horse.
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コミュニケーションの方法が多種にわたって増加する一方で人間関係が希薄なものになりつつある。まさに本末転倒だ。

コミュニケーションの方法(ほうほう)多種(たしゅ)にわたって増加(ぞうか)する一方(いっぽう)人間(にんげん)関係(かんけい)希薄(きはく)なものになりつつある。まさに本末転倒(ほんまつてんとう)だ。
Just as all kinds of communication methods are increasing, human relationships are becoming weak. A perfect case of mistaking means for ends.
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君が自分の仕事ぶりを認められる前に給料の値上げのことをいうと、本末転倒しているのではないかと私は思いたくなる。

(きみ)自分(じぶん)仕事(しごと)ぶりを(みと)められる(まえ)給料(きゅうりょう)値上(ねあ)げのことをいうと、本末転倒(ほんまつてんとう)しているのではないかと(わたし)(おも)いたくなる。
When you speak of a pay-raise before recognition, I am inclined to think you are putting the cart before the horse.