Sentence

彼のみたまが天国で安らかなることを。

(かれ)のみたまが天国(てんごく)(やす)らかなることを。
May his soul rest in Heaven.
Sentence

御霊によって生まれるものも、皆そのとおりです。

御霊(みたま)によって()まれるものも、(みな)そのとおりです。
So it is with everyone born of the Spirit.
Sentence

肉によって生まれたものは肉です。御霊によって生まれたものは霊です。

(にく)によって()まれたものは(にく)です。御霊(みたま)によって()まれたものは(れい)です。
Flesh gives birth to flesh, Spirit gives birth to Spirit.
Sentence

御霊が鳩のように天から下って、この方の上にとどまられるのを私は見ました。

御霊(みたま)(はと)のように(てん)から(くだ)って、この(ほう)(うえ)にとどまられるのを(わたし)()ました。
I saw the Spirit come down from heaven as a dove and remain on him.